Hola Fonti.
Me imagino que el hueco bajo la plataforma del maletero debe ser igual para todas las versiones. En función de si llevan rueda o repara pinchazos vendrán con el bloque organizador completo o sólo con el lateral. Si el neumático que equipa la llanta de 18 es el adecuado para el coche, el diámetro de la misma debería ser casi el mismo que el de una rueda completa por lo que entiendo que no deberías tener problemas de espacio si sacas el bloque organizador. En cuanto a la altura disponible, cabe de sobras una rueda de recambio completa.
Me permito recomendarte que veas la forma de dejar la rueda sujeta en el maletero. Por temas de seguridad. Jeep tiene dos tornillos, uno más largo para las ruedas estándar y otro más corto para las de galleta, con los que poder sujetar la rueda a la base del maletero.